Для того чтобы вынести настройки hibernate в приложении, которое использует spring достаточно добавить свойства в объявлении бина sessionFactory.

Можно пойти дальше и вынести некоторые часто изменяемые параметры в tomcat context.xml

Добавляем свойства в spring контекст

Бывают случаи, что полностью отказаться от hibernate.properties нет возможности, но при этом требуется, чтобы некоторые параметры задавались динамически через контекст томката. Для этого необходимо создать бин, который будет при старте приложения, выставлять эти параметры.

Очень важно, чтобы бин dialectSetter инициализировался раньше, чем sessionFactory, для этого нужно явно прописать зависимости depends-on = «dialectSetter», иначе параметры могут не проставиться.